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20××年…。美しき青き惑星、地球。宇宙からの圧倒的戦力の差に、盲目的に服○する各国政府の軍隊。どの国にも属さず、独自の判断で紛争に介入し、時には武力を持って平和をもたらすスタンドアローンな謎の機関「ACTONRY」より、集中砲火を浴びるこの国へ彼女たちが召集された。世界各地で活躍していた三体のスーパーロボットとその女性搭乗者たち。水門ユウ、射貫ももこ、無双ゆみか。三人は、互いのスタイルとプライドで衝突し合う。ゆみかの勇み足でももこが被○に。さらに追い討ちをかけ、ユウと決闘!?敵の殺戮ロボットは容赦なく侵攻する!闘いの最中、次第に芽生え始める闘士の絆。それもつかの間、ゆみかは捕えられ、三体のロボットたちは次々と機能停止に追い込まれてゆく。廃墟と化した街で、十字架にかかげられ最期の時を待つのみなのか…。一か八か、三人は命を、いや地球の運命を懸けた大作戦を決意する!!
セーラーエナジーを分け与えられた朱音と葵はセーラーエンジュ、セーラーアキュアとしてステラと共にジャノールに立ち向かう!一方、ジェイダークの作戦が失敗した事を受け、3人の戦士の前にノワールが立ちふさがる!ジャノールの組織の中では戦闘能力が一番高いノワールは、3人を相手に圧倒的な力で追い詰めていく。その時!!ステラの体に異変が起こる!光りを放ったステラの体に強化パーツが出現したのである!!ステラの強化された体を見たノワールは一時退散することに!追い詰められたジャノールの3人は、ある協定を結び再び3人のセーラー戦士の前に立ちはだかるのだった!!
444年に一度、星の配置が変わる時に伝説の宝珠が現れる。そして宝珠を狙う悪の組織ジャノールも静かに動き出したのである!天文同好会に所属している明神光希。彼女は伝説の宝珠を守る使命を受け継いでいた。親友である穂村朱音は天文カメラマンになる事を夢見る活発な少女。天文に関わる小説を書く事を夢見る清水葵も同好会のメンバーである。そんな何気ない大学のキャンパスで、光希が邪悪な気配を感じ取る。間違いなくジャノールの気配である。約束の場所に二人を先に行かせた光希は、ジャノールの気配を追い現場に向う。そこに現れた怪人ダクドール。光希はセーラーステラに変身してダクドールを倒す事に成功する。その頃、伝説の宝珠は人間の夢の中に存在する事を知ったジャノールは、朱音と葵の前に現れ二人の夢を吸収する。夢を奪われた二人を助けだそうと戦うセーラーステラ!果たして二人の夢を取り返す事が出来るのか!?
両親の敵である「宇宙○罪組織ムーマ」打倒を目指す銀河特捜刑事ステラこと永森愛佳は、ヘルガー指揮官を倒すも、新幹部・ナーガにその体を狙われていた。何処までもサディスティックなナーガはステラを罠にはめ、自分の所有物とするために、怪獣グビグビの触手地獄でエネルギーを吸出し、神経○を体中に塗り、電気ショックで苦しめる。何とか脱出を図ったステラだったが、体に張り付いた蟲によって居所を突き止められ、またも蟲によってエネルギーを吸い取られていく。果たしてステラはナーガとグビグビを倒すことが出来るのか?