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液体爆弾を使った爆破テロ事件が頻発する。ギンガイガーは事件の裏に悪の秘密結社バゴーンが関わっていると睨み、捜査を開始する。しかしそれはバゴーンの陽動作戦だったのだ!マーキュリーとジュピターが現場に向かう隙に本部は爆破され二人は孤立する事に。さらにジュピターの危機を知らされたマーキュリーはジュピター救出に向かうが、ジュピターは地雷を踏まされ身体に爆弾を仕掛けられていた。爆弾解除しようとするマーキュリーだったが、そこに爆弾怪人ボンバーと戦闘員が現れ自爆覚悟で襲い掛かってくる。果たしてマーキュリーはジュピターを救出し、爆弾テロを阻止する事が出来るのか!?
ギンガマーキュリーこと白木アイカは尋問部の笹村孝子と戦闘員に対する非人道的な尋問をめぐり対立していた。その後アイカの内部告発により笹村は懲戒免職となるが暗黒世界バズーに寝返り、○問怪人トーチュラーとなってアイカに復讐を開始する。早速トーチュラーはアイカ以外のメンバーが留守の時を見計らってアイカをおびき出す事に成功。総力を結集してアイカを徹底的に痛めつける。ついにギンガイガースーツが解除されたアイカ!トーチュラーの怨念のこもった○問がついに開始される!果たしてギンガイガーは○問怪人トーチュラーの策略を阻止できるのか!
ギンガイガーのメンバーはギンガジュピターこと春日マキの単独プレイに不信感が芽生えていた。そんなある日、マキの背信行為を決定づける画像が見つかる事に。それは悪の帝国バゴーンによる爆破テロの現場に残されたマキと父親であるバゴーンの戦闘員SK6との密会写真だったのだ!メンバー全体に不信感が募る中、国防省では新たなるプロジェクトが進んでいた。それはギンガイガーに変わる防衛の切り札として「ギャラクトライブ・スリー」という新たな戦隊チームを創設するという計画だったのだ!そのうえギャラクトライブ・スリーはメンバーのリーダーとしてギンガイガーのマーキュリーこと白木アイカをスカウトしようと画策。その様子を偶然見たマキはアイカと完全に対立する事に。全てはバゴーンの罠だと知らずギンガマーキュリーとギンガジュピターはついに対決する事に…。
悪の秘密結社バゴーンによる連続爆破テロが発生!至急現場に駆け付けたギンガイガーは最新戦術システムギンガネットと連携しバゴーンの怪人「エビル」を倒すが、エビルのマスクの下に隠されていたのはかつてギンガジュニアのメンバーだった安孫しげるだったのだ!自分の愛弟子であったギンガマーキュリーはバゴーンの手下になった安孫しげるとの再会に動揺するが、安孫の中に善の心が残っている事を信じようとする。しかし安孫の真の目的はわざとギンガイガーに捕まり、本部のマザーコンピューターにアクセスしてギンガネットの情報を盗み出す事だったのだ!愛弟子を守りたい一心のマーキュリーはついにギンガイガーと対立し、ギンガイガー同士の死闘に発展する。そして安孫は本性を現しギンガマーキュリーを悪の女幹部ネルビアに引き渡す。マーキュリーに裏切られたと思い込んだ安孫の積年の恨みがマーキュリーに襲い掛かる…。
アイカと一夜を過ごしたメサイアはバゴーンから脱走する決心をする。だが尾行していたバゴーンの戦闘員が現れアイカもろとも捕獲されてしまうことに。正体を現したギンガブラックはアイカを激しい○問にかけ、防衛システムに侵入するためのパスワードを聞き出そうとする。だがアイカは○問に耐え抜いた。ギンガブラックはついに息子であるたけしの命を引き換えにアイカから情報を聞き出し、本部に○○をかけ、ギンガイガーを制圧する。しかし絶体絶命のアイカの前に潜入スパイをしていたSK6が現れアイカを救出するのだった。果たしてギンガイガーはバゴーンの地球総攻撃を阻止できるのか!
世界征服を目論む悪の秘密結社バゴーンと戦うために結成された特殊部隊ギンガイガーのメンバー朝倉めぐみと白木アイカはかわらべ村で頻発する村人蒸発事件の影にバゴーンが関与している疑いを持ち調査に向かう事に。村に到着しためぐみたちはこの村でUMA研究を続けている真鍋義文という男に出会い、この村の恐るべき河童伝説を聞かされる。河童信仰のあるこの村では江戸時代末期に起きた天保の大飢饉以来、村人を生贄にする河童祭りという儀式が行われるというのだ。めぐみたちは事件の真相を探るために自ら囮になって河童をおびき出そうとするが河童の祟りを恐れる村人達はめぐみたちを生贄にしようと襲い掛かってくる。村人を制圧しためぐみは河童が生息するという禁断の地を聞きだし、ついに河童の正体がカワラベ村の伝説を悪用したカッパ怪人ヴァイラスである事を突き止めるが、ヴァイラスに倒され○問を受ける事に。そしてヴァイラスは次なるターゲット白木アイカを血祭りに上げようとアイカを罠にかける事に。果たしてめぐみはバゴーンの陰謀を阻止できるのか!
銀河の平和を守る正義の戦士ギンガイガーは地球征服を狙う悪の帝国バゴーンと熾烈な戦いを続けていた。そんなある日、共和国元老院最高議長を誘拐しようと画策するバゴーンの奇襲を受ける。死闘の末バゴーンの怪人を追い詰めるギンガイガー。しかしギンガサターンのミスによって形勢逆転になり絶体絶命のピンチに!だが、突然漆黒のギンガイガーが現われ怪人を倒す。それはワープ航法の事故で死んだはずのギンガブラックだった!伝説のギンガイガーの帰還は共和国に希望をもたらすが、その裏で恐るべきバゴーンの計画が進行していた。そんな事は露も知らないアイカは偶然、街角でチンピラに襲われているサラリーマンを助けた。それがバゴーンの幹部メサイアとも知らずに。そして誘われるままに行きつけの居酒屋に向かう事になるのだった…。
悪の秘密結社バゴーンの幹部メサイアは地球征服計画の最大の障害であるギンガイガーを倒すために、恐るべき計画を長年に渡って進行していた…。孤児院からその素質を認められギンガジュニアで育ったギンガジュピターこと、マキにとってギンガジュニアは懐かしい故郷そのものだった。そんなギンガジュピターの心に影を落とす出来事が起こる。ある日、マキは長年離れて暮らし影ながら見守ってきた実の父親と会うことになり、待ち合わせをする。そこに現れたのは秘密結社バゴーンの戦闘員SK6だった。マキはSK6から実の父親だという衝撃の事実を告げられ、そこに現れたメサイアたちに捕えられてしまう…。バゴーンの戦闘員は55歳の定年制があり組織の情報が漏れる危険を回避するために処刑処分されるか、もしくは改造手術によって怪人になるという選択を迫られるのだ。定年を迎えたSK6の処分と引き換えにギンガイガーの機密情報を要求されるギンガジュピター、それこそがバゴーンの恐るべき計画だったのだ…。そしてもう一人重大な選択を迫られる者がいた。ギンガサターンこと、ぜんは体力の衰えを感じ、引退か現役を続けるかの決断に迫られていた。そんなある日、盛り場で飲んでいたぜんは冴えない中年の男が街のゴロツキに因縁を付けられている現場に遭遇する。その男は長年のライバルである戦闘員SK6だったのだ!加勢に入るぜんだったが、二人共ゴロツキに袋叩きに合う事に。そこへ偶然通りがかったギンガマーキュリーこと、アイカはゴロツキを一瞬で倒す。そしてSK6はメサイアがバゴーンの洗○によって下部となったギンガジュピターを使い本部を爆破する計画を立てている事を告げるのだった!果たしてギンガイガーはバゴーンの計画を阻止する事ができるのか!